تصنيف محتويات كتاب تفسير الصافي بشكل مشجرة في ثلاثة فروع رةيسية: 1) الأعلام: أوصاف الباري، المعصومون، الأنبیاء والصلحاء، الرجال، النساء، القراء، الجن والملك، الکتب السماوية، الأماكن، الأديان، الفِرَق والقبائل، وأسباب النزول؛ 2) علوم القرآن: السور المكية، السور المدنية، آسماء الآيات والسور، عدد الآيات والسور، الناسخ والمنسوخ؛ 3) المفاهيم: الوقائع والأيام، الأدعية، آراء الفيض التفسيرية، البراهين والردود، وجه التسمية، المفاهيم الفقهية، المطالب الأدبية، الأسانيد، الروايات الموضوعية، روايات الفضائل، القراءات، والروايات التفسيرية.